No grupo sanguíneo dos cavalos há mais de 30 antígenos, porém apenas 8 fazem parte dos principais sistemas. Dentre eles 7 são internacionalmente reconhecidos (A, C, D, K, P, Q e U), sendo o T apenas de interesse para pesquisas. O grupo Aa e o Qa são os aloantígenos mais imunogênicos; tanto em reações hemolíticas e também associado em 90% dos casos de isoeritrólise neonatal equina em anticorpos anti-Aa ou -Qa. Os outros são raramente associados pelos antígenos Ab, Dc, De, Dg, Pa, Qc e Ua nas isoeritrólise em potros. Além disso, esses grupos sanguíneos variam de acordo com a raça dos cavalos.

Na espécie Equus asinus (Asno) há um antígeno eritrocitário encontrado que não foi achado em cavalos e é apresentado apenas por asnos e mulas. Esse antígeno coloca toda gravidez de mulas em risco para isoeritrólise neonatal.